ב- 18 בספטמבר 1939 נכנס לסלונים הצבא האדום והונהג בה המשטר הסובייטי. לסלונים זרמו אלפי פליטים משטחי פולין שנכבשו בידי הנאצים, קצתם כתחנת ביניים בדרכם למקומות אחרים אך רובם נשארו בה. מנגד נמלטו מן העיר רבים מבוגרי תנועות הנוער הציוניות – חלקם נפוצו לכל עבר, אחרים הצטרפו לקיבוץ "השומר הצעיר" בווילנה והיו שחזרו לסלונים. ראש הישיבה, משפחתו ובחורים רבים ברחו לווילנה, משם עלו לארץ או היגרו לארצות הברית דרך שנחאי. שאר בחורי הישיבה חזרו למקומות מגוריהם ורובם נספו בשואה.
תקופת השלטון הסובייטי התאפיינה בשינויים גדולים בכל תחומי החיים. חנויות קטנות נסגרו, ועסקים פרטיים גדולים יותר ובהם שבעה בתי מלאכה לעיבוד עץ, שמאות פועלים יהודים ולא יהודים עבדו בהם, הולאמו. סוחרים רבים נקלטו כשכירים במסחר הקואופרטיבי הסובייטי ובעבודות אחרות. בעלי המלאכה אורגנו בקואופרטיבים למלאכה. שני הבנקים היהודים בעיר, "בנק הסוחרים" ו"הבנק העממי", נסגרו והונם הועבר לבנק הממלכתי הסובייטי. בתי הספר היהודים נסגרו ובמקומם נפתחו ארבעה בתי ספר בשפת יידיש שהונהגה בהם תכנית הלימודים הסובייטית. בשנת הלימודים 1940/41 הוחלפה שפת ההוראה מיידיש לרוסית. גם מוסדות התרבות, הרווחה והחינוך היהודים פורקו או עברו הסבה. חיי הדת לא נאסרו רשמית אבל הושמו ללעג, ורוב בתי הכנסת הוסבו לשימושים אחרים. בחג המולד הנוצרי פינה הממשל את ארון הקודש מבית הכנסת הגדול והציב בו עץ אשוח. הסובייטים אסרו על קיומן של המפלגות ותנועות הנוער הציוניות והאחרות ורק המפלגה הקומוניסטית והקומסומול פעלו בחסות החוק. הצעירים היטיבו להסתגל למשטר החדש יותר מאחרים, ורבים מהם מונו למשרות פקידות במוסדות הממשל והמפלגה. תהליך הסובייטיזציה לווה בגל של מעצרים. באפריל 1940 הוגלו לפנים רוסיה כאלף יהודים – פליטים, בעלי רכוש, ציונים, אנשי הבונד ואפילו קומוניסטים. בין הגולים היה גם דר' יצחק אפרת, ראש הקהילה והפדרציה הציונית בסלונים.
המידע הובא מתוך: פנקס הקהילות, פולין / הוצאת יד ושם - כרך שמיני: מחוזות וילנה, ביאליסטוק, נובוגרודק